Как пояснил премьер-министра Канады Стивен Харпер, Бернье был вынужден покинуть свой пост после того, как выяснилось, что он не обеспечил должной защиты секретных документов. "Это очень серьезная ошибка, - сказал глава канадского правительства, - Министр осознал свою вину и решил сам подать в отставку". Какие секретные документы и где Бернье оставил без присмотра, Стивен Харпер не пояснил.
В начале мая 2008 года Бернье оказался в центре громкого политического скандала, связанного с его бывшей подругой 38-летней Джули Куйяр. Бернье и Куйяр встречались в течение нескольких лет, эта женщина, в частности, присутствовала на церемонии его вступления в должность главы МИД в 2007 году. Несколько месяцев назад Бернье и Куйяр официально расстались, однако в начале мая в СМИ появилась информация, что бывшая подруга министра была тесно связана с группировкой байкеров "Ангелы Ада". Представители канадской оппозиции тогда высказали предположение, что "Ангелы Ада" через Куйяр могли оказывать негативное влияние на главу МИД. Бернье в свое оправдание заявлял, что ничего не знал о прошлом своей бывшей подруги.
Премьер-министр Канады Стивен Харпер, объявляя об отставке Бернье, подчеркнул, что она никаким образом не связана с обстоятельствами его личной жизни.
