Второй срок Переса на посту президента был менее успешным: он ушел в отставку в 1993 г. на фоне обвинений в мошенничестве и коррупции.
Как сообщают СМИ, в 2009 г. власти Венесуэлы направили запрос на арест Переса в Интерпол. Бывший лидер страны должен был предстать перед судом по делу о жестоком подавлении полицией волны протестов против проводимой им политики. Акции протеста прошли в Венесуэле в феврале 1989 г. По некоторым данным число жертв тогда превысило 300 человек.
