Согласно указу, необходимо восстановить в урочище Гончаровка дворец гетмана Ивана Мазепы, церковь, въездные ворота, 4 бастиона, осуществить мероприятия по благоустройству прилегающих к ним территорий.
Кроме этого, необходимо соорудить в 2008 году на территории заповедника Мемориальный комплекс жертвам Батуринской трагедии, провести в 2007 - 2008 годах комплекс работ по укреплению и благоустройству склонов цитадели Батуринской крепости.
Ющенко также поручил Кабмину восстановить на протяжении 2008 года объектов цитадели Батуринской крепости, в частности, Гетманского дворца, Гетманской казны, деревянной церкви Воскресения Господнего, фрагмента оборонных стен крепости с башнями, въездных врат крепости, а на протяжении 2009-2010 годов - церкви Святой Живоначальной Троицы с колокольней.
Кроме этого, до 15 августа 2008 необходимо благоустроить парк "Кочубеевский" и прелагающие к нему территории. 16 ноября Ющенко присвоил заповеднику "Гетманская столица" статус национального.
Заповедник "Гетманская столица" расположен на месте прошлой резиденции гетманов Левобережной Украины в Батурине (Черниговская область) и включает комплекс памятников истории, культуры, природы.