Глигоров уже в послевоенные годы занимал ответственные должности в руководстве Социалистической Федеративной Республики Югославия (СФРЮ). В частности, занимал пост федерального секретаря (министра) финансов в 1962-1967 гг., заместителя председателя Федерального исполнительного совета (Правительства) в 1967-1969 гг.
В эти годы, будучи влиятельным политиком и экономистом, он активно продвигал идею экономических реформ в Югославии. Обширная исследовательская деятельность помогала ему в создании новых, продуктивных моделей экономики. Одной из своих задач он видел переход Югославии к рыночным принципам. Свое высокое положение в правительстве он использовал для достижения намеченных целей.
27 января 1991 г. избран Президентом Македонии. В 1994 году Глигорова переизбрали на второй президентский срок.
В октябре 1995 года стал жертвой покушения. Тогда Киро Глигоров тяжело пострадал во время взрыва бомбы в автомобиле, долго лечился и вернулся к исполнению обязанностей только через год.
Киро Глигоров возглавлял страну до 19 ноября 1999 г.
