В 2012 г. стало известно, что СБУ возбудила уголовное дело против Шепелева. Его подозревают в причастности к расхищению средств "Родовид Банка" на сумму более 220 млн грн, а также в участии совместно с бизнесменом Павлом Борулько в организации расхищения госсредств рефинансирования НБУ на 315,3 млн грн в марте-мае 2009 г.
Отметим, что Шепелев был одним из перебежчиков в прошлом созыве парламента. В марте 2011 г. он вместе с другими народными депутатами, избранными в Верховную Раду по списку БЮТ вошел во фракцию Партии регионов. Но уже 9 декабря 2011 г. Шепелев вышел из фракции Партии регионов.
