В целом закон выделяет не один, а три вида цифровых подписей, квалифицированный сертификат – самая значимая цифровая подпись из трех доступных согласно новому закону.

Сам по себе квалифицированный сертификат представляет собой электронный документ, в котором содержится ключ безопасности квалифицированной электронной подписи, имеющий название «открытый ключ». Квалифицированная электронная подпись в основном сокращается как КЭП, и в свою очередь имеет  ряд своих особенностей и отличий. КЭП бывает получена впоследствии преобразования информации зашифрованной криптографическим образом, с использованием ключа электронной подписи квалифицированного или другого сертификата электронной подписи. При этом при помощи квалифицированной электронной подписи есть возможность определить лицо, которое и подписало документ в электронном виде, а также определить, кто именно вносил изменения в электронный документ уже после его подписания.

Недостатком новой системы является тот факт, что выпуск квалифицированных сертификатов стартовал не так давно, при этом технология работы с ним кардинально отличается от работы с использованием старых сертификатов электронно-цифровой подписи, и поэтому далеко не каждая компания имеет необходимые информационные технологии, способные принимать сертификаты нового типа. В любом случае не смотря на это, с каждым днём всё больше организаций поддерживают новый квалифицированный сертификат, среди них: официальный сайт государственных закупок Российской Федерации и Федеральная служба по финансовым рынкам России.