По словам официального представителя Пентагона, эта мера является частью плана по реформированию военного ведомства, осуществляемого Робертом Гейтсом, преемником Дональда Рамсфелда на посту министра обороны. Реформа предполагает проверки и реструктуризацию всех разведывательных подразделений Пентагона.
Некоторые из функций отдела, бюджет и число сотрудников которого засекречены, будут переданы разведывательному управлению министерства обороны. Роберт Гейтс, однако, пока не принял официального решения о закрытии подразделения.
В 2005 году отдел контрразведки подвергся резкой критике со стороны правозащитников. Выяснилось, что в подразделении велась база данных, где содержалась информация об антивоенных акциях протеста в церквях и школах. Традиционно военному ведомству США запрещены разведывательные действия внутри страны. В 2005 году президент США Джордж Буш подписал национальную стратегию Соединенных Штатов в области контрразведки, которая является первым таким документом, принимаемым страной в данной области.
