Он начал свою тренерскую карьеру в 1998 году в клубном чемпионате Аргентины. В июле 2013 г. Мартино возглавил ФК "Барселона", через месяц выиграл свой первый титул - Суперкубок Испании, победив ФК "Атлетико Мадрид". В мае 2014 г, после того, как "Барселона" закончила чемпионат Испании на втором месте, Херардо Мартино решил вернуться в Аргентину.
